Lễ bốc thăm cho nội dung bóng đá nam được tổ chức vào ngày 7 tháng 9 năm 2006 tại Doha, Qatar. Trong số 30 đội tuyển tham dự ban đầu, tám đội không tham dự giải đấu lần trước (gồm Indonesia, Iraq, Jordan, Kyrgyzstan, Macau, Singapore, Syria, Tajikistan) phải tham dự vòng thứ nhất, các đội còn lại được quyền tham dự từ vòng thứ hai.[1] Hai đội đứng đầu của hai bảng đấu tiến vào vòng 2 và được xếp vào bảng đấu tương ứng.

Ghi chú: (H): Chủ nhà; (W): Rút lui.

Vào ngày 21 tháng 11 năm 2006, Turkmenistan thông báo rút lui khỏi giải đấu nam do vấn đề về tài chính.[2] Không lâu sau đó vào ngày 23 tháng 11, đến lượt Yemen cũng tuyên bố rút kui khỏi giải do đội bóng này không thể đáp ứng chi phí xét nghiệm doping sau khi phát hiện một vài cầu thủ của đội dương tính với chất cấm.[3][4] Do đó, Liên đoàn bóng đá châu Á (AFC) đã sửa đổi điều luật để các đội nhì bảng của vòng loại cũng được đi tiếp vào vòng trong. Một cuộc bốc thăm bổ sung đã được ban tổ chức giải đấu tiến hành vào ngày 25 tháng 11 năm 2006 tại sân vận động Al-Gharrafa,[5] trong đó Kyrgyzstan được xếp vào bảng C thay cho Yemen, và Syria được xếp vào bảng F thay cho Turkmenistan.[6]

Vào ngày 22 tháng 11 năm 2006, Iran đã bị FIFA cấm tham dự các giải đấu bóng đá quốc tế, trong đó có Đại hội Thể thao châu Á 2006, do để chính quyền nước này can thiệp vào các hoạt động bóng đá.[5][7][8] Tuy nhiên sau đó, FIFA đã quyết định gỡ bỏ lệnh cấm tạm thời đối với Iran để họ có thể tiếp tục góp mặt tại giải đấu.[9]